Відсутність окремих підрозділів (внутрішній аудит, адаптація законодавства до права ЄС, закупівлі, бібліотека...)
Нетипові для європейських країн окремі підрозділи (Управління по зв’язках з місцевими органами влади і органами місцевого самоврядування; Відділ зв’язків з органами правосуддя; Сектор мобілізаційної роботи)
Невизначеність місця секретаріатів парламентської коаліції та опозиційного уряду в Апараті
Кадрове забезпечення
Відсутність єдиного порядку призначення (Керівник-заступники Керівника-завідувачі секретаріатів комітетів)
Недостатня конкретизованість вимог щодо осіб, які призначаються на посади в Апараті
Невизначений статус помічників-консультантів народних депутатів в системі Апарату
Конкурсний відбір (відкриті, закриті конкурси)
Роль у законодавчому процесі
Обсяг повноважень при реєстрації законопроектів (статті 90-91 Регламенту)
Надмірне функціональне навантаження на Апарат в частині експертизи законопроектів (внаслідок реєстрації значної кількості законопроектів)
Відсутність взаємодії із зацікавленими суб'єктами (лобісти, аналітичні центри тощо)
Невизначеність предмету наукової експертизи
Виконання ГНЕУ завдань, які, за логікою, мало б виконувати ГЮУ (юридична експертиза законопроектів, пропозицій Президента)
Невизначеність вимог до оформлення результатів експертизи (рекомендацій)
Строки підготовки висновків (14 днів)
Відсутність експертизи доцільності прийняття акта (перше читання)
Питання до обговорення
Шляхи та етапи оптимізації структури Апарату (оптимальна кількість підрозділів, структурні взаємозв'язки, доцільність паралельного існування секретаріатів фракцій, парламентської коаліції, опозиційного уряду)
Кадрове забезпечення (доцільність зміни порядку призначення завідувачів секретаріатів, межі застосування конкурсного порядку добору, додаткові вимоги до претендентів на зайняття посад)
Роль Апарату у законодавчому процесі (зменшення функціонального навантаження на Апарат, доцільність проведення оцінки проектів на відповідність ст. 90-91 Регламенту Сектором реєстрації, предмет експертизи перед першим читанням, розмежування функцій ГНЕУ, ГЮА, Інституту законодавства у законодавчому процесі, оформлення результатів експертизи, строки підготовки висновків)